A atual estrutura organizacional do TCE/MA, estabelecida pela Lei Estadual nº 9.936, de 22 de outubro de 2013, encontra-se representada graficamente pelo organograma abaixo:
A sede e prédio anexo, onde se situam as unidades do TCE/MA, localizam-se na Av. Carlos Cunha, s/n, Jaracaty, São Luís/MA, CEP 65.076-820.
O TCE/MA funciona regularmente de segunda-feira à sexta-feira, exceto em feriados e pontos facultativos, das 8h às 14h.
O serviço de protocolo funciona regularmente de segunda-feira à sexta-feira, exceto em feriados e pontos facultativos, das 8h às 19h.