Em número de três, os Conselheiros-Substitutos do Tribunal de Contas do Estado do Maranhão (TCE/MA) são nomeados pelo Governador do Estado, observada a ordem de classificação em concurso público de provas e títulos, dentre os brasileiros com: mais de trinta e cinco anos de idade e menos de sessenta e cinco anos de idade; notórios conhecimentos jurídicos, contábeis, econômicos e financeiros ou de administração pública, e; mais de dez anos de exercício de função ou de efetiva atividade profissional que exija os conhecimentos já mencionados.

Os Conselheiros-Substitutos do TCE/MA, quando em substituição de Conselheiro, têm as mesmas garantias e impedimentos do titular e, quando no exercício das demais atribuições, as de Juiz de Direito de última entrância.